Sturm Graz

Ertl begann seine Karriere in der Jugend von SK Sturm Graz und spielte sich bis in die Amateurmannschaft hoch. Da er dort keine Perspektiven sah, wechselte er zum SC Kalsdorf, wurde nach guten Leistungen aber nach einem Jahr zu Sturm zurückgeholt und vorerst wiederum bei den Amateuren in der Regionalliga Mitte eingesetzt. Aufgrund seiner Leistungen und vor allem durch sein gutes Zweikampfverhalten erspielte er sich einen Platz in der Kampfmannschaft der Grazer und feierte 2003 sein Debüt in der Bundesliga.

Austria Wien

Am 31. August 2006 wechselte er von seinem Stammklub SK Sturm Graz zu FK Austria Wien, wo er einen Vertrag bis Sommer 2008 unterschrieb. Sein erstes Bundesligator schoss Johannes Ertl am 1. Oktober 2006 beim Spiel GAK gegen Austria Wien in der UPC-Arena in Graz.

2007 wurde er mit Austria Wien österreichischer Cup-Sieger.

Crystal Palace

Am 3. Juli 2008 unterschrieb er einen Zweijahresvertrag beim englischen Zweitligafünften der abgelaufenen Saison, Crystal Palace. In der Saison 2009/10 sicherte er sich mit den Eagles erst am letzten Spieltag den Ligaerhalt, als die Mannschaft bei direkten Konkurrenten Sheffield Wednesday den benötigten Zähler zum Klassenerhalt errang, während die Owls als Drittletzte in die Football League One abstiegen.

Sheffield United

Im Juni 2010 unterzeichnete Ertl einen auf zwei Jahre befristeten Vertrag bei Sheffield United, nachdem er bei Crystal Palace keine Vertragsverlängerung erhalten hatte.^[1][2] Nachdem er sofort den Sprung in die Stammelf der Blades geschafft hatte, erlitt er im März 2011 einen Kreuzbandriss und fiel für den Rest der Saison aus. Am Ende der Spielzeit musste Ertl auch mit Sheffield United den Abstieg in die Football League One erleben.

FC Portsmouth

Nach einem Jahr in Sheffield entschied sich Johnny Ertl vor der Saison 2011/12 zu einem Wechsel zum FC Portsmouth, der zu dieser Zeit noch in der Football League Championship spielte. Dort sollte er allerdings erneut eine überaus turbulente Zeit erleben. Da der Klub in schweren finanziellen Schwierigkeiten steckte, wurden ihm während der Saison zehn Punkte abgezogen. Portsmouth beendete die Saison abgeschlagen an der letzten Stelle der Tabelle und stieg ab. Nach der Saison verließ beinahe der gesamte Profikader den Verein, Ertl aber beschloss zu bleiben. Obwohl Portsmouth aufgrund der großen Probleme im Verein auch im nächsten Spieljahr sofort wieder abstieg – diesmal von der Football League One in die viertklassige Football League Two – wurde Ertl aufgrund seiner Loyalität während dieser Zeit zu einem absoluten Fan-Liebling.

2013 wurde der FC Portsmouth von den Fans übernommen und konnte sich von diesem Zeitpunkt an nicht nur finanziell, sondern auch sportlich konsolidieren. Ertl spielte als Kapitän der Mannschaft noch bis zum Ende der Saison 2014/2015 in der Football League Two.