FC Bayern München (1989–1992)

Im Sommer 1989 wechselte Manfred Bender vom Zweitligaaufsteiger SpVgg Unterhaching zum FC Bayern München. Er kam als Talent und Gewinner des Länderpokals, den er mit der Auswahl des Landesverbandes Bayern mit 4:2 im Elfmeterschießen gegen die Auswahl des Landesverbandes Hessen gewann. Trotz der großen Konkurrenz – Jürgen Kohler (1. FC Köln), Alan McInally (Aston Villa) und Radmilo Mihajlović (Dinamo Zagreb) wechselten ebenfalls zum Rekordmeister – kam er in seiner ersten Saison immerhin zu 20 Einsätzen in denen er zwei Tore erzielte. Sein Bundesligadebüt gab er am 5. August 1989 (2. Spieltag), als er beim torlosen Unentschieden im Auswärtsspiel gegen Borussia Mönchengladbach in der 71. Minute für Radmilo Mihajlović eingewechselt wurde. Sein erstes Bundesligator war der Treffer zum 2:0-Endstand am 27. Oktober 1989 (15. Spieltag) beim FC St. Pauli. Am Ende der Saison gewann er seinen ersten Titel als Fußballprofi – den Meistertitel.

Benders zweite Saison begann wie die erste geendet hatte – mit einem Titelgewinn. Am 31. Juli 1990 gewann er mit den Bayern den DFB-Supercup mit 4:1 Toren gegen den 1. FC Kaiserslautern. In seiner zweiten Saison, 1990/91, wurden die Bayern Zweiter der Meisterschaft und Bender war dabei mit 33 Einsätzen und fünf Toren als Stammspieler gesetzt. Die darauf folgende Saison 1991/92 verlief für den FC Bayern München allerdings ungewöhnlich schlecht. Drei Trainer (Jupp Heynckes, Søren Lerby und Erich Ribbeck) „verschliss“ der Verein, das Abrutschen auf den zehnten Tabellenplatz konnte trotzdem nicht verhindert werden. Es wurde auch im Spielerkader nach Schuldigen gesucht und man schaute sich gleichzeitig nach neuen Spielern um. Bender wechselte im Sommer 1992 nach Karlsruhe und Mehmet Scholl kam im Gegenzug nach München.

Karlsruher SC (1992–1996)

Neben Bender kam auch der Flügelstürmer Sergej Kirjakow zum KSC, so dass die Schäfer-Schützlinge sich zu einer angriffsstarken Mannschaft entwickelten. In der Saison 1992/93 erreichte die Mannschaft den sechsten Rang und qualifizierte sich damit für den UEFA-Pokal-Wettbewerb. Zum erfolgreichen Abschneiden des KSC in diesem Wettbewerb (der Höhepunkt war sicherlich der 7:0-Sieg im Heimspiel gegen den FC Valencia) trug der offensivstarke Mittelfeldspieler Bender wesentlich bei. Ein weiterer Erfolg mit dem KSC war das Erreichen des DFB-Pokal-Finales 1996.

TSV 1860 München / Karlsruher SC (1996–2000)

1996 wechselte Bender zu den „Löwen“, für die er drei Spielzeiten – mit abnehmender Anzahl an Einsätzen, Letztere mit nur sechs – absolvierte. Danach kehrte er für eine Saison zum Zweitligisten Karlsruher SC zurück, kam aber nur zu zwei Einsätzen.

1. FC Saarbrücken und Ausklang (2000–2004)

Von 2000 bis 2002 war er 35-mal für den Zweitligisten 1. FC Saarbrücken aktiv und erzielte fünf Tore. Zum Abschluss seiner Fußballer-Karriere spielte er noch für die Oberliga-Vereine SV Wilhelmshaven und FC Ismaning, danach für den bayrischen Landesligisten TSV Eching.