1. Akt

Die Handlung beginnt etwa hundert Jahre nach Kaiserin Elisabeths Tod im Reich der Toten und Träumer. Elisabeths Mörder Luigi Lucheni muss sich Nacht für Nacht vor einem unsichtbaren Richter für seine Tat rechtfertigen. Er erklärt, dass er keine Schuld habe, denn der Tod habe ihn dazu angestiftet und zwar aus Liebe. Er beschwört die versunkene Welt des Habsburgerreiches noch einmal herauf, um seine Behauptung zu untermauern. Elisabeth tritt als 15-jähriges Mädchen auf, das lieber Zirkuskunststücke übt, anstatt mit seiner Mutter Ludovika und seiner Schwester Helene einen Verwandtenbesuch zu empfangen. Elisabeth stürzt und begegnet dabei zum ersten Mal dem Tod. Beide spüren eine starke gegenseitige Faszination. In Bad Ischl verliebt sich Kaiser Franz Joseph von Österreich in Elisabeth, anstatt, wie von den Müttern geplant, in deren ältere Schwester Helene. Für Elisabeth beginnt mit der Hochzeit, bei der der Tod sowohl seine Enttäuschung als auch seine Siegesgewissheit zum Ausdruck bringt, ein neues Leben. Sie wird von ihrer Schwiegermutter Erzherzogin Sophie und deren Hofdamen ständig bewacht, erzogen und dressiert. Sie erkennt, dass sie ihre Freiheit verloren hat und beschließt, sich zur Wehr zu setzen. Der Tod begegnet ihr abermals, als er ihre erste Tochter Sophie mit sich nimmt. Auch als der langersehnte Thronfolger Rudolf geboren wird, verbessert sich Elisabeths Stellung am Hof nicht. Wie auch schon bei den anderen Kindern übernimmt Sophie Rudolfs Erziehung. Als Elisabeth von der Art der Erziehung erfährt, stellt sie Franz-Joseph ein Ultimatum: sie möchte über die Erziehung ihrer Kinder bestimmen oder sie kehrt nicht mehr zu ihm zurück. Währenddessen wendet sich das Volk zunehmend gegen die Kaiserin, da diese in Milch badet, die das Volk nicht mehr bekommt. Lucheni wiegelt sie auf. Franz-Joseph hat sich entschieden, auf ihr Ultimatum einzugehen und unterbreitet ihr seine Entscheidung. Doch dem Tod ist klar, dass diese neue Bindung nicht von Dauer sein wird.

2. Akt

Elisabeths Bemühen um die ungarische Sache resultiert im Ausgleich mit Ungarn und der Krönung Franz-Josephs und Elisabeths zu König und Königin von Ungarn. Lucheni preist dem Publikum „Kitsch!“ über das neue Königspaar an. Zudem weist Lucheni den Ausgleich als Anfang vom Ende des Habsburger Reiches aus. Elisabeth scheint auf dem Höhepunkt ihres Triumphes zu sein und begegnet erneut dem Tod, der sie darauf aufmerksam macht, dass sie immer noch Gefangene des Hofes ist und nur er sie befreien kann.
Der Tod findet in ihrem kleinen Sohn Rudolf, der sich oft einsam fühlt, einen bereitwilligen Zuhörer. Erzherzogin Sophie hingegen sieht ihren Einfluss auf Elisabeths Sohn schwinden und trachtet danach, deren Einfluss auf ihn zu verringern. Zu diesem Zweck beauftragt sie Graf Grünne, im Salon der Madame Wolf eine Prostituierte zu engagieren, die dem Kaiser zeigt, dass es nicht nur die eine Frau auf der Welt gibt. Der Graf allerdings sucht sich genau jene aus, die an der Französischen Krankheit (Syphilis) leidet.
Als Elisabeth krank wird, tritt ihr der Tod in Gestalt eines Arztes gegenüber und lässt sie wissen, dass ihr Mann ihr untreu war und sie mit dieser Geschlechtskrankheit angesteckt hat. Er erreicht damit jedoch nicht, dass sie sich aus Verzweiflung ihm zuwendet; sie sieht vielmehr die Möglichkeit, sich von ihrem Mann zu befreien.
Während sie auf Reisen geht, bleibt ihr Mann besorgt in Wien am Hofe zurück. Währenddessen wächst ihr Sohn Rudolf zu einem erwachsenen Mann heran, der am Vater verzweifelt. Zudem ist er unglücklich verheiratet und setzt sich für die Ungarn ein. Bei einem konspirativen Treffen wird er erwischt. Der Vater tobt. Seine einzige Rettung sieht er darin, dass Elisabeth sich beim Kaiser für ihn einsetzt. Sie lehnt das klar ab; sie hätte sich nicht befreit, um sich dann wieder in die Zwänge des Hofes zu begeben. Er findet nur beim Tod Zuflucht, den er schon aus Kindertagen kennt. Er sieht nur noch einen Ausweg.
Nach Rudolfs Selbstmord wird Elisabeth von Schuldgefühlen geplagt. Sie sieht ein, dass sie in ihrer Selbstbefreiung einen Schritt zu weit gegangen ist. Auch mit Franz-Joseph verbindet sie nichts mehr. Sie hat bereits mit dem Leben abgeschlossen, als der Tod Lucheni die Dreikantfeile überreicht, mit der er Elisabeth töten soll. Der Kaiser, der dies in einem Alptraum sieht, liebt sie aber noch immer und sucht sie schließlich ein letztes Mal auf. Sie weist ihn erneut ab. Nach dem erfolgreichen Attentat Luchenis tritt der Tod an Elisabeth heran, umarmt sie, gibt ihr den Todeskuss und führt sie in sein Reich. So hat er doch endlich erreicht, was er wollte; Elisabeth gehört ihm und ihnen gehört die Ewigkeit. Lucheni begeht in der Haft Selbstmord.

1. Akt

1. Prolog
2. Wie du
3. Schön, euch alle zu seh'n
4. Kein Kommen ohne Gehen (Útvesztő minden út)
   In der ungarischen Produktion ab 1996, sowie in der Wiener Jubiläumsfassung 2012 (Raimund Theater) (ersetzt Schwarzer Prinz), wurde in die Nachfolgeproduktionen aufgenommen.
5. Rondo von Liebe und Tod (Ai To Shi No Rondo)
   In den japanischen Versionen von Takarazuka und Toho seit 1996 enthalten. Die Melodie ist mit der des ungarischen Liedes Útvesztő minden út identisch, allerdings gibt es Unterschiede im Text und in der Interpretation.
6. Wie Du (Reprise)
   In der Uraufführungsfassung, in der ungarischen und der schwedischen Version. Für die niederländische Fassung wurde dieser Teil in das Lied Schwarzer Prinz (Textänderung) umgeschrieben und in den nachfolgenden Produktionen in dieser Fassung bis 2012 beibehalten. Es wurde jetzt in deutschsprachigen Inszenierungen seit Wien 2012 mit Kein Kommen ohne Gehn zusammengeführt.
7. Jedem gibt er das Seine
8. So wie man plant und denkt...
9. Nichts ist schwer
10. Alle Fragen sind gestellt
11. Sie passt nicht
12. Der letzte Tanz
13. Eine Kaiserin muss glänzen
14. Ich gehör nur mir
15. Stationen einer Ehe
16. Die Schatten werden länger
17. Die fröhliche Apokalypse
18. Kind oder nicht
    Zum ersten Mal in der deutschen Produktion 2001, wurde in die Nachfolgeproduktionen aufgenommen.
19. Elisabeth, mach auf mein Engel
20. Milch
21. Schönheitspflege / Uns're Kaiserin soll sich wiegen
22. Ich will dir nur sagen/Ich gehör nur mir (Reprise) / Finale 1. Akt

2. Akt

1. Kitsch
2. Éljen
   Nicht in den Produktionen in Scheveningen, Essen und Stuttgart umgesetzt.
3. Wenn ich tanzen will
   Für die deutsche Produktion 2001 geschrieben, wurde in die meisten Nachfolgeproduktionen übernommen.
4. Mama, wo bist du?
5. Sie ist verrückt
6. Nichts, nichts, gar nichts
   In der Uraufführung nur eine Strophe mit Tanzsequenz, wurde jedoch bald darauf umgeschrieben. Die sogenannte Irrenhausballade wurde in allen Produktionen übernommen, jedoch oft an verschiedenen Stellen des 2. Aktes eingefügt.
7. Wir oder sie
8. Nur kein Genieren
9. Die letzte Chance (Die Maladie)
10. Zwischen Traum und Wirklichkeit
    Nur während der ersten Spielzeit der japanischen Toho-Produktion 2000. Auf der Stuttgarter Cast CD ist eine deutsche Version des Liedes zu hören.
11. " Ist das nun mein Lohn/Eine Kaiserin muss glänzen (Reprise)
12. Bellaria
    Wurde erstmals in die ungarische und die japanische Erstaufführung eingefügt (beide 1996) und in die nachfolgenden Produktionen übernommen.
13. Rastlose Jahre
    Hier folgt in den japanischen Takarazuka-Produktionen die Irrenhausszene Sie ist verrückt.Anmerkung: In der Stuttgarter und Essener Produktion folgte hiernach die Streitsequenz und Hass.
14. Jagd
    Nur in der Uraufführungsfassung, der ungarischen und der schwedischen Produktion und in der Uraufführung in Wien.
15. Die Schatten werden länger (Reprise)
16. Verschwörung
    Nur in den Produktionen in Scheveningen (Niederlande), Essen & Stuttgart (Deutschland) sowie Ungarn und Japan. Anmerkung: In der Stuttgarter und Essener Produktion folgte hiernach die Wie du (Reprise).
17. Streit zwischen Vater und Sohn in Essen, Berlin und Wien (allerdings nicht in der Urfassung)
18. Hass
    Nicht in den japanischen Takarazuka-Produktionen
19. Wie du (Reprise)
    Nicht in den japanischen Takarazuka-Produktionen
20. Wenn ich dein Spiegel wär
21. Mayerling-Walzer
22. Totenklage
23. Mein neues Sortiment
24. Boote in der Nacht
25. Am Deck der sinkenden Welt/Alle Fragen sind gestellt (Reprise)
26. Der Schleier fällt
27. Zukunftsseelen (nur auf der 10th Anniversary CD und nie in ein Stück integriert)

Wien

Deutschsprachiger Raum

• Essen, Colosseum Theater: 22. März 2001 bis 29. Juni 2003
• Stuttgart, Apollo Theater: 6. März 2005 bis 17. September 2006
• Berlin, Theater des Westens: 20. April 2008 bis 27. September 2008
• Tournee I (München, Frankfurt, Bremen, Bregenz, Düsseldorf): 21. Oktober 2009 bis 25. April 2010
• Tournee II (Köln, Frankfurt, München, Basel, Essen, Bremen, Chemnitz, Erfurt, Leipzig, Dresden, Triest): 11. Oktober 2011 bis 6. Mai 2012
• Tournee III (Essen, München, Linz, Frankfurt, Berlin, Hamburg): 25. Februar 2015 bis 27. März 2016

Weitere Stationen

• Osterreich  Österreich: Bregenz, Linz
• Japan  Japan: Tokio, Osaka, Nagoya, Fukuoka
• Ungarn  Ungarn: Budapest, Szeged, Györ
• Schweden  Schweden: Karlstad
• Niederlande  Niederlande: Scheveningen
• Italien  Italien: Triest
• Finnland  Finnland: Turku
• Schweiz  Schweiz: Thun, Zürich, Basel
• Belgien  Belgien: Antwerpen
• Korea Sud  Südkorea: Seoul, Daejeon, Changwon, Daegu, Jeonju, Gwangju, Busan
• China Volksrepublik  Volksrepublik China: Shanghai: Shanghai Culture Square Theatre (in deutscher Sprache)
• Tschechien  Tschechien: Pilsen