Seite - III - in Charge Transport in DNA - Insights from Simulations
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TABLEOFCONTENTS
7 AParametrizedModel toSimulateCT inDNA 89
7.1 Creating theElectronicCouplings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
7.2 Modeling the IonizationPotentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
7.3 TestingwithChargeTransportCalculations . . . . . . . . . . . . . . . 97
7.4 ChargeTransferExtensions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
7.5 TestingwithChargeTransferMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
7.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
8 Conclusion 105
Appendix 111
A DNAUnderExperimentalConditions 111
A.1 TheStructuralChangesofDNAuponStretching . . . . . . . . . . . 111
A.2 Effect ofLowHydrationandDecreased IonContent . . . . . . . . . 112
A.3 StretchingofMicrohydratedDNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
B CTinMicrohydratedDNA 117
B.1 HelicalParameters -CompleteOverview . . . . . . . . . . . . . . . . 117
B.2 ElectronicCouplings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
B.3 IonizationPotentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
B.4 ESP InducedbyDifferentGroupsofAtoms . . . . . . . . . . . . . . . 122
B.5 DistanceofChargedAtomGroups fromtheHelicalAxis . . . . . . . 123
List ofPublications 137
Danksagung 139
iii
Inhaltsverzeichnis
- Zusammenfassung 1
- Summary 3
- 1 Introduction 5
- 2 TheoreticalBackground 11
- 3 SimulationSetup 39
- 4 DNAUnderExperimentalConditions 49
- 5 ChargeTransport inStretchedDNA 69
- 6 ChargeTransport inMicrohydratedDNA 79
- 7 AParametrizedModel toSimulateCT inDNA 89
- 8 Conclusion 105
- Appendix 111
- A DNAUnderExperimentalConditions 111
- B CTinMicrohydratedDNA 117
- List ofPublications 137