Page - III - in Charge Transport in DNA - Insights from Simulations

TABLEOFCONTENTS 7 AParametrizedModel toSimulateCT inDNA 89 7.1 Creating theElectronicCouplings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 7.2 Modeling the IonizationPotentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 7.3 TestingwithChargeTransportCalculations . . . . . . . . . . . . . . . 97 7.4 ChargeTransferExtensions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 7.5 TestingwithChargeTransferMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 7.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103 8 Conclusion 105 Appendix 111 A DNAUnderExperimentalConditions 111 A.1 TheStructuralChangesofDNAuponStretching . . . . . . . . . . . 111 A.2 Effect ofLowHydrationandDecreased IonContent . . . . . . . . . 112 A.3 StretchingofMicrohydratedDNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116 B CTinMicrohydratedDNA 117 B.1 HelicalParameters -CompleteOverview . . . . . . . . . . . . . . . . 117 B.2 ElectronicCouplings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 B.3 IonizationPotentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 B.4 ESP InducedbyDifferentGroupsofAtoms . . . . . . . . . . . . . . . 122 B.5 DistanceofChargedAtomGroups fromtheHelicalAxis . . . . . . . 123 List ofPublications 137 Danksagung 139 iii