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Charge Transport in DNA - Insights from Simulations
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Danksagung Lastbutnot least... Andieser Stellemöchte ichmichherzlich bei all denenbedanken, die zumGelin- gendieserArbeit beigetragenhaben. Als erstes bei Herrn Prof. Dr. Marcus Elstner für die Möglichkeit der Promo- tion in einem interessanten undhochaktuellen Forschungsgebiet. Damit auch für diehervorragendeBetreuungundUnterstützung inallenProjektenundLebensla- gen. Ohne Ihn und seine Arbeitsgruppe wäre die zweite Hälfte meines Chemie Studiumsnurhalb somotivierendgewesenundeswärewohlnie zudieserArbeit gekommen. An zweiter Stelle kannmeinDank nur an eine Person gehen: Dr. Tomáš Kubarˇ. Beginnend mit meiner Masterarbeit hat er mich durchgehend mit allen Mitteln unterstützt, die ich benötigte um die Herausforderungen der alltäglichen wis- senschaftlichenArbeit zubewältigen. Die indieserArbeit verwendetenMethoden zur Untersuchung des Ladungstransfers sind zu großen Teilen seinem Elan und seiner Hingebung zur Wissenschaft zu verdanken. Nicht zuletzt dafür, dass er unermüdlichunserenRechencluster erweitertundamLaufenhält,mit besonderer VorliebeauchSonntagsundmitten inderNacht. Natürlich möchte ich der gesamten Arbeitsgruppe Elstner danken, egal ob noch aus Braunschweiger Zeiten oder die aktuelle Besetzung inKarlsruhe. Eswar im- mer eine sehr netteArbeitsatmosphäre die immerwiedermotiviert hat. In alpha- betischerReihenfolge: JanFrähmcke,MichaelGaus,AlexanderHeck,SteveKamin- ski, TomášKubarˇ, MaximilianKubillus, Gesa Lüdemann,MarcoMarazzi, Sabine Reißer, Thomas Steinbrecher,HiroshiWatanabe, KaiWelke, BenjaminWoiczikow- ski, TinoWolter, undnicht zuletzt natürlich SabineHolthoff, die jedeAngelegen- heit, sei sie auch noch so bürokratisch und/oder dringend gewesen, irgendwie geregelt bekommenhat. Ausserdemdanke ich denKorrekturlesern, diemir im letztenAbschnitt des Ver- fassensdieserArbeit eine sehr großeHilfewaren: TomášKubarˇ,AlexanderHeck, GesaLüdemannund Jan-PhilippBuch. SchließlichdankeichmeinenFreundenundmeinerFamilie für ihreUnterstützung! 139
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Charge Transport in DNA Insights from Simulations
Title
Charge Transport in DNA
Subtitle
Insights from Simulations
Author
Mario Wolter
Publisher
KIT Scientific Publishing
Date
2013
Language
English
License
CC BY-SA 3.0
ISBN
978-3-7315-0082-7
Size
17.0 x 24.0 cm
Pages
156
Keywords
Charge Transport, Charge Transfer, DNA, Molecular Dynamics, Quantum Mechanics
Categories
Naturwissenschaften Chemie

Table of contents

  1. Zusammenfassung 1
  2. Summary 3
  3. 1 Introduction 5
  4. 2 TheoreticalBackground 11
    1. 2.1 MolecularMechanics 11
    2. 2.2 MolecularDynamicsSimulation 13
      1. 2.2.1 Solving theEquationsofMotion 14
      2. 2.2.2 ThermodynamicEnsembles 15
    3. 2.3 QuantumChemistry 18
      1. 2.3.1 DensityFunctionalTheory 18
      2. 2.3.2 ApproximativeDFT–Density-FunctionalTight-Binding 21
    4. 2.4 DynamicsofExcessCharge inDNA 24
      1. 2.4.1 TheMulti-ScaleFramework 25
      2. 2.4.2 TheFragmentOrbitalApproach 26
    5. 2.5 ChargeTransport inDNA 29
      1. 2.5.1 Landauer–BüttikerFramework 29
    6. 2.6 ChargeTransfer inDNA 32
      1. 2.6.1 Basics ofChargeTransfer 32
      2. 2.6.2 Non-adiabaticPropagationSchemes 34
  5. 3 SimulationSetup 39
    1. 3.1 TheDNAMolecule 39
      1. 3.1.1 InvestigatedDNASequences 42
    2. 3.2 MDSimulationofDNA 44
    3. 3.3 DNAunderMechanical Stress 45
    4. 3.4 MicrohydratedDNA 46
  6. 4 DNAUnderExperimentalConditions 49
    1. 4.1 FreeMDSimulations 50
    2. 4.2 TheStructuralChangesofDNAuponStretching 51
    3. 4.3 IrreversibilityofDNAStretching inSimulations 56
    4. 4.4 Effects ofLowHydration 58
    5. 4.5 Effects ofDecreased IonContent 62
    6. 4.6 Effect ofWater and Ionson theStretchingProfileofDNA 64
    7. 4.7 Conclusion 67
  7. 5 ChargeTransport inStretchedDNA 69
    1. 5.1 InvestigatedSequences andStructures 69
    2. 5.2 ChargeTransportCalculations 71
    3. 5.3 SequenceDependentChargeTransport 73
    4. 5.4 DetailedStructuralDifferences 74
    5. 5.5 Conclusion 76
  8. 6 ChargeTransport inMicrohydratedDNA 79
    1. 6.1 InvestigatedSequences andStructures 79
    2. 6.2 ChargeTransferParameters 80
    3. 6.3 ChargeTransportCalculations 84
    4. 6.4 DirectDynamicsofChargeTransfer 86
    5. 6.5 Conclusion 87
  9. 7 AParametrizedModel toSimulateCT inDNA 89
    1. 7.1 Creating theElectronicCouplings 90
    2. 7.2 Modeling the IonizationPotentials 93
    3. 7.3 TestingwithChargeTransportCalculations 97
    4. 7.4 ChargeTransferExtensions 98
    5. 7.5 TestingwithChargeTransferMethods 102
    6. 7.6 Conclusion 103
  10. 8 Conclusion 105
  11. Appendix 111
  12. A DNAUnderExperimentalConditions 111
    1. A.1 TheStructuralChangesofDNAuponStretching 111
    2. A.2 Effect ofLowHydrationandDecreased IonContent 112
    3. A.3 StretchingofMicrohydratedDNA 116
  13. B CTinMicrohydratedDNA 117
    1. B.1 HelicalParameters -CompleteOverview 117
    2. B.2 ElectronicCouplings 118
    3. B.3 IonizationPotentials 119
    4. B.4 ESP InducedbyDifferentGroupsofAtoms 122
    5. B.5 DistanceofChargedAtomGroups fromtheHelicalAxis 123
  14. List ofPublications 137
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